A Microsoft 1996-ban speciális licencszerződést kötött a Sun technológiájának alkalmazásáról, amely feljogosította arra is, hogy azt Windows platformra optimalizálja. A kereset oka az volt, hogy a Sun szerint a Microsoft Java átalakítása túlmutat az optimalizáció keretein. Jelen megállapodás értelmében a technológiára szóló korábbi licencmegállapodás érvényét veszti. A Microsoft - húszmillió dollár fejében - további hét éven keresztül értékesítheti mindazon termékeit, amelyekben Java technológia is alkalmazásra került. A szerződés nem teszi lehetővé a Microsoft számára a "Java kompatibilis" logó használatát - ezt azonban a szoftvergyártó 1998 óta egyébként is felfüggesztette.

A Microsoft a Java 1996-os licencelésével azt kívánta biztosítani a fejlesztők számára, hogy Microsoft platformon futó alkalmazásaikat az általuk választott programnyelven fejleszthessék. A Microsoft a következő generációs .NET termékeiben Java helyett már a korszerűbb C# programnyelvet használja.