A zeneipar már nem sokkal a Napster szolgáltatásának beindulását követően felfigyelt az illegális zenemásolást lehetővé tévő szolgáltatásra. Kisebb-nagyobb bizonytalankodás után az öt legnagyobb lemezkiadó cég a RIAA (Record Industry Association of America - Amerikai Lemezkiadók Szövetsége) összefogás alatt beperelte a Napstert.
Majdnem egy évig tartó jogi huza-vona után a Los Angeles-i Körzeti Bíróság néhány hete olyan ítéletet hozott, amely a Napstert kötelezi az öt lemezkiadó birtokában lévő zenék kiszűrésére hálózatából. A bíróság döntése alapján a Napster mintegy 275000 zeneszámot kell, hogy eltávolítson hálózatából.
Korábban sokan attól tartottak, hogy amennyiben a Napster kénytelen lesz a szóban forgó zeneszámokat eltávolítani, a szolgáltatás értelmét veszíti, a felhasználói pedig elpártolnak attól, még azelőtt, hogy elkészülne a Napster új, fizetős, és mindenekelőtt legális szolgáltatása.
A 275 000 tiltott zeneszámot tartalmazó RIAA adatbázis kézhez kapása után a Napster néhány napon belül rendszerbe állította a szűrőt, amely a tiltott számokat nem engedi a hálózatra jutni. A szűrő azonban nem bizonyult csalhatatlannak, viszonylag hamar megjelentek a megkerülésére kidolgozott megoldások.
A szűrés bevezetését követően a szolgáltatást használók száma drasztikusan visszaesett, ami a részletek ismeretében nem meglepő, hiszen a felhasználók által keresett zenék döntő többsége tiltott lett. A legfrissebb hírek szerint azonban a szolgáltatást használók száma ismét emelkedik, méghozzá meglehetősen gyors ütemben.
A Webnoize Cambridge-i piackutató cég felmérése alapján a Napster szolgáltatását március utolsó hetében 593 millió zeneszám letöltéséhez használták fel, ami komoly, 25%-os növekedés az azt megelőző héthez képest. A bizonyíték, amely azt mutatja, hogy a felhasználók ismét egyre több zeneszámot töltenek le a hálózatról, csak olaj a tűzre az egyébként is pattanásig feszült lemezkiadók-Napster viszonyban.
A kiadók már hetek óta azért panaszkodnak, mert a Napster szerintük nem tesz meg minden tőle telhetőt a védett zeneszámok kiszűrésére. A Metallica metálzenekar, amely a Napstert elsőként perelők között volt, a közelmúltban ismét beperelte azt, mivel a társaság a banda szerint sem tesz eleget a tiltott számok kiszűrésére, sőt szerintük szándékosan nem építenek ki megfelelő védelmet.
A Napster és a lemezkiadók, valamint azok szövetsége, a RIAA most egymásra mutogatnak, a kialakult helyzetre az abszolút káosz jellemző. A kiadók és a RIAA szerint a Napster nem tesz eleget a bírósági ítéletnek, ezért a bíróságnak lépnie kellene. A Napster az ellen felmerült vádakra azt válaszolta, hogy mindent megtesz azért, hogy a szerzői jogok védelme miatt a szolgáltatásból kitiltott zeneszámok ne kerülhessenek fel a hálózatra, és amennyiben ez mégis megtörténik, az csakis annak tudható be, hogy kiadók nem biztosították a Napster számára az ahhoz szükséges információkat.
A Napster ügyében egyelőre tovább folytatódik a zűrzavar, de addig is, amíg valami érdemleges történik, a felhasználók könnyedén megszerezhetik azokat a (tiltott) zeneszámokat, amelyeket keresnek.