A másik lehetőség leszerződni a Microsofttal, amely az e-kereskedelem területére egy rakás, egymással szoros összefüggésben levő termékkel és egy nagymértékben kidolgozott haditervvel vonult be annak érdekében, hogy a vállalatoknak segítsen az internetes üzletek könnyebb lebonyolításában.
A közös a két nagy tábor céljaiban az, hogy erősen dolgoztak az XML (Extensible Markup Language) részletes kidolgozásában; ez egy protokoll a gépek és a programok összekapcsolására az interneten keresztül. Az utóbbi hónapokban azonban tisztán láthatóvá váltak a J2EE és a Microsoft .Net kezdeményezése közötti alapvető különbségek.
A J2EE működőképes tucatnyi operációs rendszeren, a .Netet azonban a Windows 2000 szerves részeként fejlesztették ki. Scott Hebner, az IBM Websphere termékcsoporttal foglalkozó részlegének marketingigazgatója, azzal vádolja a Microsoftot, hogy egyértelműen kezébe akarja venni a teljes irányítást, és "bezárni" vállalati ügyfeleit.
A Microsoft az intenzív fejlesztését és marketingjét a .Net családnak igazából csak mostanában kezdte el, azonban a J2EE termékeket már pár évvel ezelőtt elkezdtek szállítani a Microsoft nagy riválisai. "A J2EE nagyjából kétéves előnnyel rendelkezik a .Net kezdeményezéssel szemben" - nyilatkozta Mike Gilpin, a Giga Information Group piackutató cég elemzője.