Egy IBM szuperszámítógép komplex gyógyászati szimulációval szolgálja a rákkutatást

forrás Prim Online, 2003. július 18. 20:35
[smallimage 1 left] IBM szuperszámítógépet használnak a heidelbergi Német Rákkutatási Központ adatközpontjában komplex bio-számítástechnikai célokra: a nemzetközi „emberi genom projekt" keretében az emberi géntérkép felépítését és a fehérjék szerkezetét elemzik ennek segítségével. A közelmúltban bővítették a szuperszámítógépes rendszert, amely IBM szuperszámítógépekből, köztük IBM eServer p690 rendszerekből áll, összesen 96 POWER4 processzort foglal magában.
A Német Rákkutatási Központ (Deutsches Krebsforschungszentrum, DKFZ) a rák kialakulásának folyamatát vizsgálja, és a rosszindulatú folyamatokat beindító kockázati tényezőket keresi. A központban dolgozó tudósok tudományosan megalapozott új koncepciókat alakítanak ki a diagnosztika és a kezelés területén. Az IBM szuperszámítógép a DKFZ nagykapacitású adatközpontjában működik, különböző bio-számítástechnikai célokra használják. A részben belső fejlesztésű alkalmazásokkal például az emberi géntérképet elemzik, és szimulációkkal vizsgálják, hogy a különböző gyógyszerek mennyire hatásosak a rák ellen. Az IBM rendszer immár két eServer pSeries 690 szervert foglal magában, amelyek 64 POWER 4 processzort és további IBM POWER 3 processzorokat tartalmaznak, összteljesítménye 330 GFLOPS. Ez másodpercenként 330 milliárd műveletet jelent.

A DKFZ első IBM szuperszámítógépét már 1994-ben üzembe helyezték, négy éves lízingszerződések keretében pedig folyamatosan bővítették. A DKFZ kutatói nem nélkülözhetik a számítógépes kapacitás folyamatos növelését, mert egyre komplexebb szimulációkat végeznek, amelyek még ezeken a nagy teljesítményű rendszereken is több hétig eltarthatnak. A kutatók például a Gaussian, a TurboMol, a Molpro és az Amber nevű programot használják. Ezek többek között a molekulák szerkezetét és mozgását szimulálják. Az emberi genom és fehérjék szerkezeti elemzésének eredményeit különböző, a DNS- és fehérjeszekvenciákat tároló adatbázisokban rögzítik, illetve nemzetközi együttműködés keretében rendszeresen kicserélik más kutatóintézetekkel.

A rákkutatási intézetben a szükséges teljesítmény megvalósításának előfeltétele, hogy 64 bites számítógépeket, és az ezzel járó nagy címteret használják. Az alkalmas rendszer kiválasztásakor a DKFZ fő szempontjai között az ár/teljesítmény arány és a kis hőleadásés áramfelvétel szerepelt.