A Windowshoz, a webhez és a .NET-hez kapcsolódó eszközök készítésére és optimalizálására készült Itanium 2-es alkalmazások széles választékába tartozik a Microsoft Windows Server 2003 és a Windows XP 64-Bit Edition Version 2003 operációs rendszer, a Microsoft .NET Framework, a Microsoft Visual Studio .NET 2003, az Intel IA-32 Execution Layer (IA-32 EL), a Microsoft fordítóeszközei és az Intel fordítókból, elemzőkből és könyvtáraikból álló teljesítményjavító készlete.

Több mint 500 olyan alkalmazás van, amelyet kifejezetten az Itanium processzorcsaládra optimalizáltak, a 32 bites alkalmazásoknak pedig ezrei futnak ezeken a rendszereken. Az Intel rendelkezik továbbá egy IA-32 EL nevű technológiával is, amely az Itanium 2 processzor képességeit a 32 bites programok futtatásával bővíti ki. A technológia lehetővé teszi, hogy az Itanium 2 processzor végrehajtsa az újabb IA-32 utasításokat is (pl. SSE2), és nagyobb teljesítményt kölcsönöz a 32 bites alkalmazásoknak.

Az Intel egy sor olyan szoftverfejlesztő terméket kínál, amelyet az Intel-architektúrájú alkalmazások teljesítményének optimalizálására terveztek. Ezek közé tartozik az Intel C++ és Fortran fordító, az Intel VTune Performance Analyzer (teljesítményelemző), az Intel Math Kernel Library (matematikai kernelkönyvtár), az Intel Thread Checker (programszál-ellenőrző) és az Intel Performance Libraries (teljesítménynövelő könyvtárak).