Az IBM három vezető európai kutatóközponttal folytat együttműködést. A
világhírű intézmények - egymástól független projektekben - a biológia
alapjait és a betegségek eredetét kutatják az IBM technológiáinak és
szakembereinek segítségével.
Az IBM három vezető európai kutatóközponttal folytat együttműködést: a heidelbergi Európai Molekuláris Biológiai Laboratóriummal (EMBL), a Cambridge mellett található Európai Bioinformatikai Intézettel (EBI) és a Cambridge-i Egyetem Hutchison/MRC Kutatóközpontban működő onkológiai tanszékével.
A Cambridge-i Egyetem Hutchison/MRC Kutatóközpontban működő onkológiai tanszéke a számítógépes genetika területén működik együtt az IBM-mel. A partnerek a rák kialakulását, valamint a megelőzés, a diagnosztizálás és a kezelés módszereit kutatják a legmodernebb technológia segítségével.
A világhírű intézmény az IBM Shared University Research (SUR) ösztöndíjprogram révén elérhető nagy teljesítményű számítástechnikai rendszereket és kutatási szakértelmet bevetve integrálja a személytelenített elektronikus betegnyilvántartási adatokat az emberi génállományról rendelkezésre álló tudással. A kutatók azt remélik, ezzel a módszerrel sikerül majd azonosítaniuk a rák kialakulásáért felelős géneket, és - a kezelések sikerének javítása érdekében - pontosabban előre tudják jelezni, melyik beteg miként fog reagálni a tervezett beavatkozásokra. Az IBM Számítógépes Biológiai Központjának munkatársai a kutatásba bevont óriási adattömeg elemzési módszereinek kidolgozásához is segítséget nyújtanak a tudósoknak.
"Az utóbbi néhány évben komoly eredményeket értünk el a rák természetének és kialakulásának megismerésében" - jelentette ki Carlos Caldas professzor, a Hutchison Központ munkatársa. "Az emberi génállomány feltérképezése és a különböző modellezési rendszerek megjelenése egybeesett az elektronikus betegnyilvántartás tömegessé válásával. Az adatok integrálását és elemzését támogató, nagy teljesítményű számítógépes technológiák új, izgalmas lehetőséget kínálnak a rák megértéséhez, diagnosztizálásához és gyógyításához. Az információalapú orvostudomány egyre bonyolultabb és interdiszciplinárisabb jellege szoros munkakapcsolatok kialakítását teszi szükségessé az elméleti tudósok és a műszaki, gyakorlati szakemberek között."
A heidelbergi Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium kutatói Fejlett Celluláris Modellezési és Szimulációs Központ kialakításához veszik igénybe az IBM technológiáját. Az új létesítmény a betegségek hatékonyabb diagnosztizálását, kezelését, gyógyítását és megelőzését segítő, új módszerek kidolgozásához teremt technikai hátteret a nemzetközi kutatói társadalom számára.
Az IBM számítógépes rendszereit és kutatási szakértelmét rendelkezésre bocsátó IBM Shared University Research (SUR) ösztöndíjprogram keretében az EMBL az emberi test fehérjéinek kölcsönhatásait és a sejtosztódás molekuláris mechanizmusait vizsgálja. Mindkét terület alapvető szerepet játszik a különféle halálos betegségek (pl. a rák) kialakulásához vezető bonyolult sejtműködési folyamatok megértésében. Az EMBL úgy tervezi, hogy Európában és azon kívül is elérhetővé teszi a kutatók és különböző üzleti szervezetek számára a projekt során felhalmozott értékes tudományos adattömeget, technológiákat és szakértelmet. Ily módon a központ a "wet lab" kísérletek, a tudományos elméletek és a különféle számítógépes szimulációk integrált információs adatközpontjaként funkcionál majd.
Az új létesítmény két területen használja ki az IBM Research Számítógépes Biológiai Központjával fennálló szinergiahatásokat. Az első a modellezés - annak feltérképezése, hogyan hatnak egymásra a sejtek és a fehérjék az emberi szervezetben, és miként változnak a sejtek fejlődésük egyes szakaszaiban. A második terület a szimuláció - a kutatóközpont fejlett számítógépes szimulációkkal vizsgálja a rostok és a fehérjék szerkezetét az állati sejtekben. A projekt olyan alapvető sejtfolyamatok pontos modelljeit kívánja kidolgozni, mint a polaritás kialakulása a korai fejlődésben vagy a sejtosztódás mechanikája. A szimuláció eredményeit, valamint a kapcsolódó álló- és mozgóképeket a weben is hozzáférhetővé teszik majd a kutatók számára.
Az angliai Cambridge mellett található Európai Bioinformatikai Intézet teljes kutatási tevékenysége támogatásához igénybe veszi az IBM segítségét. A számítógépes rendszereket, valamint az IBM Számítógépes Biológiai Központjának erőforrásait biztosító IBM Shared University Research (SUR) ösztöndíjprogram révén az EBI kutatói hozzájuthatnak az alapvető biológiai folyamatok, az evolúció, valamint a betegségek eredetének jobb megértéséhez szükséges, nagy számítókapacitással előállítható molekuláris és géninformációkhoz.
Az EBI kutatási infrastruktúrájának középpontjában a Linux operációs rendszert futtató IBM eServer BladeCenter for Bioinformatics rendszer áll. Az IBM Life Sciences által kimondottan bioinformatikai kutatóintézeteknek tervezett megoldás szorosan igazodik a nagy áteresztőkapacitást igénylő bioinformatikai környezetek speciális szükségleteihez.
Az EBI és a University College London kutatói például az öregkori betegségek molekuláris alapjainak vizsgálatánál használják az IBM technológiáját. A kutatás eredményeiből összeállított adatbázis később egész Európából hozzáférhető lesz, és lehetővé teszi a kutatók számára, hogy bonyolult "in-silico" (számítógépes) modelleket és hipotéziseket dolgozzanak ki, amelyek pontosságát később laboratóriumi körülmények között is ellenőrizhetik. Ez az eljárás jelentősen mérsékli a kutatásokhoz szükséges kísérletek számát. Az IBM kutatói a vizsgálat során keletkező óriási adattömegen belüli mintákat azonosító algoritmusok felállításához nyújtanak segítséget.
"A nagy kapacitású biológiai rendszerek elárasztottak minket elemzésre váró adatokkal" - magyarázza Janet Thornton, az EBI igazgatója. "Ám e feladat hatékony elvégzéséhez egyre nagyobb számítógépes teljesítményre van szükségünk. Az EBI biológiai tudományokban szerzett szakértelmét az IBM Research adatbányászati tapasztalataival ötvözve birtokába juthatunk az alapvető biológiai folyamatok és a betegségek jobb megértéséhez szükséges eszközöknek és tudásnak."
Hutchison/MRC Kutatóközpont- A rákkutatásra szakosodott Hutchison/MRC Kutatóközpont a brit Medical Research Council (MRC), a Cambridge-i Egyetem, valamint a rákkutatást támogató Cancer Research Campaign (mai nevén Cancer Research UK) együttműködése nyomán jött létre. A központ két egymással szorosan összekapcsolódó szervezeti egységből épül fel: az egyik az MRC Cancer Cell Unit, a másik pedig a Cambridge-i Egyetem Onkológiai tanszéke (University of Cambridge Cancer Research UK Department of Oncology). A kutatóközpont sejtbiológiai és genetikai programjai a rákos betegségek megelőzését, pontosabb diagnosztizálását és hatásosabb kezelését szolgálják.
EMBL- Az 1974-ben alapított Európai Molekuláris Biológiai Laboratórium (EMBL) működését tizenhét ország - csaknem az összes nyugat-európai ország és Izrael - támogatja. Az EMBL öt létesítményből áll: a németországi Heidelbergben található központi laboratórium mellett kihelyezett laborok működnek még Hamburgban (Németország), Grenoble-ban (Franciaország), Hinxtonban (Egyesült Királyság) és Monterotondóban (Olaszország) is.
Az EMBL-t négyes célra alapították: molekuláris biológiai alapkutatások folytatására, a tagállamok kutatói által folytatott munka támogatására, a helyi munkatársak, valamint az ide érkező egyetemi hallgatók és vendégkutatók magas szintű képzésére, és a biológiai kutatások új technikai eszközeinek kifejlesztésére. Harminc éves története során a Laboratórium a fenti területek mindegyikén figyelemre méltó eredményeket ért el. Ezt pedig az tette lehetővé, hogy az EMBL-nek sikerült valódi nemzetközi, európai intézménnyé válnia, elérnie a szolgáltatások és a támogatóeszközök élvonalbeli biológiai kutatásokhoz szükséges kritikus tömegét, és hatékonyan alkalmaznia a tanulást minden szinten alapvető életformának valló oktatási filozófiát.
EBI- Az Európai Molekuláris Biológiai Laboratóriumhoz tartozó Európai Bioinformatikai Intézet (EBI) az angliai Cambridge mellett Hinxtonban, a Wellcome Trust Genome Campus részeként működik. Az EBI abból az úttörő jelentőségű EMBL-programból született meg, amely nyilvános biológiai adatbázis kialakítását tűzte ki célul a nemzetközi kutatói társadalom számára. Az EBI tárolja a világ legfontosabb biológiai adatgyűjteményeinek egy részét: például a DNS-szekvenciák (EMBL-Bank), a fehérjeszekvenciák (UniProt), az állati génállományok (Ensembl), a háromdimenziós struktúrák (Makromolekuláris Struktúrák Adatbázisa) és a microarray-kísérletek (ArrayExpress) adatbázisát. Az EBI több kutatócsoportnak is otthont ad. Tudósai folyamatosan dolgoznak az új bioszámítástechnikai eszközök fejlesztésén.