Az intézet kutatói már évekkel azelőtt elkezdték a formátum fejlesztését, és 1995 július 14-én a projektben résztvevő 40 tudós megtartotta az ISO-MPEG Audio Layer 3 kódolású állomány "keresztelőjét". Az MP3-formátumot a Frauenhofer IIS intézet egyik kutatójának Karlheiz Brandenburgnak az égisze alatt fejlesztették ki, aki már az 1980-as évek elején elkezdett foglalkozni az audiokompresszióval. Brandenburg elmondta, hogy több éves kutatómunka után már majdnem felhagytak a további fejlesztéssel egy algoritmushiba végett, ám az utolsó pillanatban sikerült ezt megoldaniuk. Azóta az MP3 a legnépszerűbb audioformátummá vált a zeneipar nagy bosszúságára, mert a különböző csereportálokon ezen formátumban terjedtek-terjednek a zeneszámok.

A .mp3 kiterjesztés az utóbbi években azonban annyira elterjedt, hogy az elektronikai cikkeket gyártó vállalatok is felfigyeltek rá és megkezdték az MP3-formátumot lejátszó készülékek gyártását. Jelenleg évente több tízmillió MP3-lejátszót értékesítenek, és a szekértők azt jósolják, hogy 2006-ban akár 80 millió mp3-at támogató készülék is gazdára találhat.