Az ilyen operációs rendszerek tipikus felhasználási területe a set-top tévéboxok, a GPS eszközök, PDA-k, vagy ipari automatizálásra és orvosi felhasználásra készült rendszerek.

A Microsoft valódi újdonságot épített bele a szoftverbe, mivel ráncfelvarrás helyett átalakította a kernelt, a rendszer magját, így a program képes 32-32 000 művelet egyidejű elvégzését támogatni. Ez a gyakorlatban azt jelenti, hogy összetett rendszereket lehet kiépíteni, vagyis például sok PDA összekötésével multimédiás hálózatot alakíthatunk ki.

A Windows CE 6-hoz kiadták a Virtual Studio 2005 megfelelő változatát is, így világszerte ösztönözni kívánják a fejlesztőket a rendszerre írt alkalmazások írására. Mivel a Microsoft nagy vetélytársa beágyazott rendszerek terén a Linux, a vállalat több ezer sornyi kódot tett nyilvánossá. Hogy mennyire fontos ez a feljövőben levő piac, azt jól mutatja, hogy a Microsoft ilyen jellegű bevételei az elmúlt évben 46 százalékkal 89 millió dollárra nőttek.