A töredékesen fennmaradt, cipődoboz-méretű szerkezet komolyan sérült állapotban került elő, így eddig a folyamatos kutatások ellenére nem sikerült megfejteni titkát. Nemrég azonban egy a hellén kulturális minisztérium felügyeletével és a Leverhulme alapítvány támogatásával nemzetközi tudóscsapatot szerveztek működésének megértésére. A munkát számos modern technikai eszköz és többek között a Hewlett-Packard szakmai segítsége mozdítja előre. A névadó görög sziget után csak Antikythera szerkezetként emlegetett berendezés megértéséhez a legnagyobb segítség talán egy a közelmúltban elvégzett vizsgálat volt.

A kiemelt értéke miatt szállíthatatlan lelethez az athéni múzeumba szállított speciális 3D-s CT vizsgálóberendezést eredetileg a repüléstechnikában használják, például elhasználódott repülőgépturbinák láthatatlan repedéseinek nyomon követésére. Az X-Tek 400kv nevű mikrofókuszos CT-je tizedmilliméteres háromdimenziós térképet készített a maradványokról. Ennek nyomán számos szabad szemmel nem látható jelölés és felirat vált feltérképezhetővé. Megállapították, hogy az időszámítás előtt 80 körül készített és 1900-ban egy hajóroncsmaradványban megtalált eszköz egy korai tárcsás számítógép volt.

A nemzeti archelógiai múzeumba szállított több mint 7,5 tonnás röntgen tomográf segítségével kiderült, hogy a szerkezet eredetileg 30 tárcsából állt, és az asztronómiai feliratok alapján szinte biztos, hogy a hajósok számára szolgált adatokkal a csillagok állása alapján. Az igen összetett eszköz bonyolultságában vetekszik az utána következő ezer év találmányaival, és felépítése kifejezetten a számítógép kezdeti elődjévé avatja. Az eredmények összegzése és elemzése most is folyik, a kutatók 2006 őszére terveznek egy tájékoztató konferenciát, az ott bejelentendő megerősített hivatalos adatok minden bizonnyal újraírják a számítástechnika történetét.