A speciális célú gépen nem fut a Linpack benchmark, vagyis az a szoftver, amelyet a TOP 500 listán szereplő szuperszámítógépek teljesítményének méréséhez használnak. A Riken szuperszámítógép teljesítménye a jelenleg listavezető BlueGene/L rendszer háromszorosa. Ezt a masinát a Lawrance Livermore Nemzeti Laboratóriuban helyezték üzembe.

Az Intel K.K. (az Intel Corp, japán egysége) és a NEC az SGI Japan Ltd., céggel, valamint a Rikennel együttműködve fejlesztette azt a rendszert, amelyet mint dedikált gépet a molekulák dinamikus szimulációjához tervezték és a Riken yokomahai intézetében helyezik üzembe A Riken a tervek szerint a "nyitott ház" rendezvény keretében június 24.-én mutatja be az új masinát.

Az MDGrape-3 fedőnevű dinamikus molekula szimulátor 201 Riken saját fejlesztésű egységet és két Intel Xeon alapú szerver-fürtöt tartalmaz. A Riken egységek 24 MDGrape-3 lapkát tartalmaznak, amelyek együttes teljesítménye 230 GFLOPS. Ezt a lapkát 2004.-ben fejlesztették, mint mag feldolgozó elemet a szuperszámítógéphez. A lapkákat a partner Hitachi Ltd., gyártotta le a HDL4N 130 nm-es technológiával.

Ezt a rendszert a Riken számítógép fürtje támogatja, amely 65 párhuzamos szerverből áll. Ezek a szerverek az Intel 5000 sorozatú kétmagos Intel Xeon processzoron (kódneve. Dempsey) alapulnak. További 37 párhuzamos szerver 3,2 GHz-es Xeon (2 MB L2 gyorsító-tárral) alapul. A Dempsey alapú szerverek mindegyike 256 kétmagos processzort, az összes többi szerver egyenként 74 3,2 GHz-es magot foglal magába. Az Intel műszaki támogatást nyújt a processzorokkal. Az SGI Japán az egyes komponenseket egyetlen párhuzamos számítógép rendszerbe kapcsolta össze.

Mivel az MDGrape-3 szuperszámítógépen nem fut a Linpack benchmark, közvetlenül nem hasonlítható össze a többi, TOP 500 listán szereplő számítógéppel, mert ezek teljesítményét Linpack benchmarkokkal mérik.