A vártnál lassabban sikerül a 100%-os együttműködést elérni a Mozilla fejlesztőinek, jóllehet a Vista ugyan még nem kapható külön operációs rendszerként, de a karácsonyi értékesítések révén a nagyobb PC-gyártók gépein előretelepítve már megtalálható. Sok felhasználó azt várta, hogy az új operációs rendszer gyakorlatilag semmilyen változást nem hoz a Firefox életében, változatlan formában használható lesz ezen a Windows platformon is, mint a korábbiakon. A valóságban azonban nem ez a helyzet. A szakértők szerint legfőképpen azért, mert a Microsoft jelentős változtatásokat hajtott végre az operációs rendszer böngészőkezelésében. Ennek a legfőbb mozgatórugója az új Internet Explorer 7, melynek biztonsági szintjét a legjobban úgy tudták emelni, ha az operációs rendszerben is változtatnak a kapcsolódó szoftverrészeken. A probléma valós mivoltát jelzi, hogy a Mozilla augusztusban, mikor a végleges Vista ütemterv már tudható volt, segítséget kért legfőbb riválisától, technikai adatok átadására kérte fel a Microsoftot. A megoldás a fejlesztők szerint a Firefox 2.0.0.3-as változattal érkezik majd.