Brüsszel elsősorban a regionális megosztottságot kifogásolja az iTunes-al kapcsolatban, vagyis hogy a felhasználók csupán saját hazájukban tudnak dalokat vásárolni az internetes zeneboltból, és egy másik államban már csakis akkor tudnak a számokért fizetni, ha rendelkeznek egy helyi pénzintézet által kibocsátott bankkártyával. Továbbá azért is kritika érte az Apple-t, mert nem egységes árakat szabtak meg a különböző országokban. Így például míg Nagy-Britanniában 1,17 euróra kerül egy dal, addig másutt csupán 99 centet kell fizessenek a felhasználók ugyanazért a zeneszámért. Steve Jobs vállalata azonban visszautasította az utóbbi vádat mondván, hogy a kiadók miatt kellett eltérő árakat bevezetniük.

Az EU-Bizottság az Apple-ön kívül a Universal, Warner, EMI és Sony BMG lemezcégek ellen is vizsgálatot kezdeményezett, akik összesen két hónapot kaptak arra, hogy magyarázattal szolgáljanak a felvetett vádakat illetően.