Minden évben a zenei programok mellett talán az egyik legizgalmasabb látnivaló a csak Civil Szigetként emlegetett programsorozat. Ennek keretén belül a teljesen nyitott pályázaton civil szervezetek jelentkezhetnek azzal a céllal, hogy a Sziget Fesztivál teljes ideje alatt egy-egy mindenki számára érdekes és fontos témakörben tájékoztassák a szigetlakókat, és természetesen az egyik fő cél a látogatók bevonása a programokba. Pályázatot nyújthatnak be azok a - legalább egy éve működő - szervezetek (egyesületek, alapítványok), illetve olyan közcélú intézmények, amelyek tevékenysége elsősorban a 15-24 éves korosztályok részvételére, nevelésére, integrációjuk segítésére, problémáik megelőzésére, illetve megoldására épül, és amelyek a fesztivál sajátos körülményeihez igazodó programot kívánnak megvalósítani. Az online jelentkezési folyamatban egyetlen oldalról (http://www.sziget.hu/fesztival/civilsziget) elérhető a részletes pályázati leírás, a szervezetek regisztrálhatnak a jelentkezéshez, kitölthetik és leadhatják a szükséges űrlapot, valamint természetesen közvetlenül felvehetik a kapcsolatot a Civil Sziget szervezőivel. Fontos menüpont a Segítség oldal, mivel itt megtekinthetők a többi pályázók nyilvános kérdései, ezzel jelentősen segítve és meggyorsítva a jelentkezést. A hétvége sem akadályozhatja meg tehát a jelentkezések leadását, melyek határideje 2007. április 15., a pályázatok elbírálásának határideje pedig 2007. május 20.