A Nikon D3-hoz kiadott legújabb, 1.10 verziószámú firmware-et a japán gyártó kénytelen volt levenni weboldaláról, miután több felhasználó is jelezte, hogy bizonyos beállítások esetén az új firmware hibát okoz a képek adataiban. Akik feltelepítették már az új frissítést, azoknak azt ajánlja a Nikon, hogy ne fényképezzenek a szóban forgó beállításokkal. A japán gyártó mindent megtesz a hiba kijavítása érdekében, az új frissítés még május előtt meg fog jelenni.
Az alábbi beállításokat nem ajánlott használni, mert valószínűleg hiba léphet fel a képek adataiban:
A fenti problémát elkerülhetjük akkor, ha más beállításokkal fotózunk, így például nyugodtan dolgozhatunk 12 bites NEF fájlokkal, vagy készíthetünk nagy sebességű sorozatokat is, ha a D2 Egyéni beállítást 8fps-re vagy kisebbre állítjuk. A Nikon minden felhasználótól nyilvános elnézést kért.