Amikor a Canon bemutatta az EOS 5D-t, a gép úttörő szerepet vitt a HD felbontású videózás meghonosításában a DSLR kategóriában, így ma már szinte elvárás lett az ilyen képesség, már a belépőszintű gépeknél is. A Canon tehát igen dicséretes szerepet vállalat ezen a téren, ám az elsőség azt jelentette, hogy korántsem sikerült tökéletesre a videó üzemmód. A legnagyobb gond az volt, hogy szinte semmilyen manuális kontrollt nem biztosított a gép ilyenkor, márpedig ha valaki tükörreflexes gépet vesz, azt éppen azért teszi, hogy maga adhassa meg a beálltásokat. A legfontosabb frissítés éppen ez, vagyis az ISO értéktől kezdve különböző kézi beállítások lehetősége az EOS 5d-ben, így a gép szoftveresen is kihozza a legtöbbet hardveres képességeiből. Ezen túl számos más újítást tartalmaz az alapszoftver frissítése, mint a különböző nyelvű menük javítása, a BG-E6 markolat-akku kezelésének módosítása, a peremsötétedés kompenzációját is finomították az ALO és Highlight Tone Priority működését. A Canon EOS 5D Mark II firmware v1.1.0-s változata a gyártó oldaláról érhető el a frissítés menetét leíró kiegészítéssel együtt.