Meglepő módon az új vírus nem egy általános romboló, vagy adatrabló céllal létrehozott trójai, hanem egy ipari rendszerekre kiélezett szoftver. A PcWorld legfrissebb számában az olvasható, hogy néhány biztonságspecialista feltörte a program titkosítását, és bepillantást nyertek annak bonyolult algoritmusaiba, a tesztek alapján pedig arra következtettek, hogy a vírus alkotói az iráni atomprogram részleteivel kapcsolatos információk megszerzésére tanították be teremtményüket. Egyes vélemények szerint nem hétköznapi hackerek, hanem állami megbízottak hozták létre a Stuxnetet, mivel az nem lehet véletlen, hogy a trójai nagy érdeklődést mutat a Siemens márkájú ipari konfigurációk iránt, sőt egyes részletek arról árulkodnak, hogy az iráni Bushehr reaktor lehet a támadók fő célpontja, amit az igazolhat, hogy a létesítmény építésekor több alkalommal is meghibásodásokról lehetett hallani. A szakértők úgy vélik, hogy talán egy orosz beszálító juttathatta be a férget a rendszerbe.