A WML 1.2-vel ugyanis számítógépes programokat is lehet továbbítani - így vírusokat is. Ezek például megváltoztathatják a készüléken beállított telefonkönyvet, számok törlésével vagy manipulálásával. Az SMS-forgalmat is összezavarhatják, megeshet, hogy a telefon használója észre sem veszi, hogy üzenetet fogadott vagy küldött.
Az első vírustámadások azonban a szakértők szerint viszonylag ártalmatlanok lesznek, mert a különböző mobiltelefon-modellek, WAP-kapuk és böngészők még nagyon különböznek. Így a WAP-vírusok nehezen tudnak majd csak elterjedni.
A szabványosítás, amelyet a GPRS után az UMTS (Universal Mobile Telephony Standard) követ, javítja a vírusok elterjedésének körülményeit.
Legkésőbb a WML 2.0 megjelenésekor elindulnak a támadások az internet-hozzáféréssel rendelkező mobiltelefonok ellen. Ez az európai kutatók számításai szerint jövő tavasszal, az amerikaiak szerint a rákövetkező év elején megtörténik. Így a mobiltelefon-használók számára tanácsos lesz gyakran meggyőződniük az adatok biztonságáról.