A SZTAKI segítségével elsőként sikerült genetikai alapon modellezni a járvány magyarországi terjedését

forrás: Prím Online, 2020. május 12. 17:21

A Pécsi Tudományegyetem Szentágothai János Kutatóközpont kutatói a COVID-19 járvány kezdete óta vizsgálják a kórokozó SARS-COV-2 vírus genetikai változásait. Az adatok elemzésével és a SZTAKI informatikai támogatásával megfejthetővé vált a vírus evolúciója, és kimutathatóvá, hogyan terjedt Magyarországon.

A pécsi kutatók a Számítástechnikai és Automatizálási Kutatóintézet (SZTAKI) szakértőinek segítségével kevesebb mint egy nap alatt átállították a kutatásaikhoz szükséges feladatokat (bonyolult filogenetikai algoritmusokat rengeteg adattal) a magyar kutatói felhő, az MTA Cloud  szervereire. A feladatokat a SZTAKI platformján az eredeti terveknél ötvenszer gyorsabban tudták végrehajni, ennek köszönhetően a víruskutatók a részeredményeket az előzetesen becsült több mint 1 hét helyett pár óra alatt kézhez vehették.

 

A közös munka során több mint 100 különböző helyen és időpontban vett vírusminta genomadatait dolgozták fel 500 millió lépésben: ezek az információk hozzájárultak ahhoz, hogy feltérképezhető legyen a vírus törzsfája, ezzel a járvány magyarországi terjedéséről pontosabb képet kaphassunk. 

 

Az eredmények szerint a vírust több országból hozták be Magyarországra, főleg Nyugat-Európából. A kutatás megerősítette azt is, hogy szükség volt a kijárási korlátozásokra: március közepén, a korlátozások bevezetésekor már az ország több pontján is megfigyelhető volt helyi terjedés.

 

Fotó: SZTAKI szerverek a kutatók szolgálatában

 

Nemzetközi projektben is számol a felhő

A SZTAKI a Wigner Fizikai kutatóközponttal közösen még márciusban ajánlotta fel a hazai kutatási felhő, az MTA Cloud több ezer processzort és több terabájt memóriát számláló kapacitásait magyar víruskutatóknak (Már indultak hazai projektek, de még többet várunk). 

 

A hazai kutatásokkal párhuzamosan, szabad kapacitásaival a felhő bekapcsolódott a nemzetközi Folding@home projektbe, ahol a több, járvánnyal és vírussal kapcsolatos számítást is végeznek. A SZTAKI gépei az elmúlt pár hétben több mint 8000, úgynevezett work unitot (számítási feladatot) végeztek el. Összehasonlításképp: egy átlagos, otthoni számítógépnek ugyanennyi feladat elvégzése nagyjából 4-5 évbe telt volna.

 

Tudomány ROVAT TOVÁBBI HÍREI

Új együttműködéssel gyorsítják a COVID-19 variánsainak azonosítási folyamatát

A koronavírus még fertőzőbb mutánsainak megjelenése magában hordozza annak veszélyét, hogy lelassul a globális felépülés és meghiúsul a vakcinák által nyert immunitás. Annak érdekében, hogy segítsék a kormányokat és az orvosszakmát az új variánsok felismerésében és a gyors reagálásban, az Oxfordi Egyetem és az Oracle egy globális kórokozó-elemző rendszert (Global Pathogen Analysis System, GPAS) hozott létre, amely egyesíti az Oxfordi Egyetem kórokozó-adatokat elemző platformját (Scalable Pathogen Pipeline Platform, SP3) az Oracle felhőalapú infrastruktúrájával (Oracle Cloud Infrastructure, OCI).

2021. május 18. 13:45

Kövess minket a Facebookon!

Cikkgyűjtő

További fontos híreink

Hétszeres Business Superbrands díjas az ABB

2021. május 17. 16:40

Digitalizációs „bumm” a bankszektorban!

2021. május 4. 19:29

Óvakodjunk a COVID-19 vakcinával kapcsolatos csalásoktól és álhírektől

2021. április 19. 14:58

Új pályázatokat indít az EIT Digital

2021. április 8. 14:15