Új együttműködéssel gyorsítják a COVID-19 variánsainak azonosítási folyamatát
A koronavírus még fertőzőbb mutánsainak megjelenése magában hordozza annak veszélyét, hogy lelassul a globális felépülés és meghiúsul a vakcinák által nyert immunitás. Annak érdekében, hogy segítsék a kormányokat és az orvosszakmát az új variánsok felismerésében és a gyors reagálásban, az Oxfordi Egyetem és az Oracle egy globális kórokozó-elemző rendszert (Global Pathogen Analysis System, GPAS) hozott létre, amely egyesíti az Oxfordi Egyetem kórokozó-adatokat elemző platformját (Scalable Pathogen Pipeline Platform, SP3) az Oracle felhőalapú infrastruktúrájával (Oracle Cloud Infrastructure, OCI).
„Eme hatékony új eszköz világszerte segíteni fog a kutatóintézetek, közegészségügyi szervezetek, egészségügyi szolgáltatók és diagnosztikai vállalatok szakembereinek, hogy még mélyrehatóbb ismereteket szerezzenek a fertőző betegségekről, kezdve a koronavírussal” – nyilatkozta Derrick Crook, az Oxfordi Egyetem mikrobiológia professzora.
„A globális kórokozó-elemző rendszer segít létrehozni egy globális közös szabványt az új vírus adatainak összegyűjtéséhez és elemzéséhez, valamint a közegészségügyet fenyegető egyéb mikrobiális veszélyekhez. Ez új szintre emeli a kórokozókkal kapcsolatos adatok feldolgozását. Izgatottan várjuk, hogy az Oracle-lel együttműködve egy csúcstechnológiai platform segítségével mélyíthessük el a kutatásainkat.”
Az eredetileg tuberkulózis-kutatáshoz létrehozott SP3-t jelenleg a SARS-CoV-2 vírus szekvenciaadatainak egységesítésére, standardizálására, elemzésére és összehasonlítására használják – ezzel eredményezve annotált genomszekvenciákat és azonosítva új variánsokat. Az SP3 feldolgozási kapacitását az Oracle új fejlesztése növeli, amely biztosítja a magasszintű teljesítményt és védelmet, valamint az SP3 rendszer elérhetőségét a nap 24 órájában az Oracle Cloud szolgáltatásban. Az SP3 rendszer átfogó és szabványosított COVID-19 elemzéseket lesz képes nyújtani nemzetközi szinten, a benyújtást követő néhány percen belül. Az eredmények biztonságos körülmények között kerülnek megosztásra szerte a világon.
Az Oracle Cloud kiterjedt gépi tanulásával felszerelkezve az együttműködő tudósok, kutatók és kormányok világszerte először dolgozhatnak fel, elemezhetnek, vizualizálhatnak és hozhatnak létre akciótervet a COVID-19 kórokozókra vonatkozó adatok széles gyűjteményét használva. Ez magában foglalja a mutánsok azonosítását és azok lehetséges hatását a vakcinára és a kezelés hatékonyságára. A rendszer adatelemző felülete megmutatja például, hogy mely specifikus törzsek terjednek gyorsabban mint mások, és vajon a genetikai jellemzők hozzájárulnak-e a fokozott fertőzőképességhez és az oltóanyagoknak való ellenálláshoz. Az Oxfordi Egyetem már most feldolgozta a világ SARS-CoV-2 szekvenciájának felét, összesen több mint 500 000-et.
Nyitókép: ox.ac.uk
Kapcsolódó cikkek
- Jól vizsgáztak eddig a pandémia alatt a magyar IT vezetők
- Jelentős megtérülést hoznak a technológiai beruházások
- Karantérkarrier – így dolgozunk COVID alatt
- A Premier League az Oracle felhőinfrastruktúráját választotta
- A BME Oracle felhőszolgáltatásokkal gyorsítja fel kutatásait
- Új, Magyarországon egyedülálló vizsgálatok a CMC Déli Klinikán
- Világszinten eredményesek a magyar kutatónők, de nincsenek elegen
- Óvakodjunk a COVID-19 vakcinával kapcsolatos csalásoktól és álhírektől
- Az Oracle felhőtechnológiája segíti a SailGP versenyzőit
- Az Oracle felhőjében folyik a MÁV-Volán-csoport jegyértékesítő rendszerének fejlesztése